在八月二十二日从澎湖登陆恒春东港、枋寮之间。在三路日军的夹击之下，台南的局势岌岌可危。

在这个关键时刻，刘永福在儿子刘成良和英国驻台南领事欧思讷的劝说下，决定离开台湾。欧思讷在八月二十二日将刘永福写给桦山资纪的信交给驻扎澎湖的南进军司令官高岛鞆之助，要求日军不得伤害百姓，并且必须厚待自己和部下，以便顺利内渡。然而，高岛鞆之助认为刘永福的言辞过于傲慢，于翌日复信拒绝，并要求刘永福亲自前来日军大营乞降。同时，刘永福还请英国人向近卫师团递交自己的信件，要求停战议和，然后再内渡，但同样遭到拒绝，并被要求投降。刘永福被激怒，继续坚持抗战。

八月二十八日，日军第二师团的主力及混成第三旅团占领凤山县，混成第四旅团先后在王爷头、曾文溪与台湾军民激战。到九月初二日，徐骧阵亡，王德标失踪。易顺鼎一直建议刘永福效仿历史上的人物如王保保、李定国，退入台湾内山（中央山脉）展开游击作战。但此时台南已经弹尽粮绝，人心惶惶，刘永福在九月初三日带着儿子刘成良等十余人乘坐英国商船“多利士”号内渡。翌日，刘永福抵达厦门，虽然乘客遭到日军盘查，但刘永福幸运地未被发现。最后他另雇小艇，从轮船上吊着落艇，得以平安上岸。就在他抵达厦门的当天，日军占领了台南府城，标志着台湾反割台斗争的结束。

刘永福内渡后，辗转抵达广州。两广总督谭钟麟立即准备安排他的职务，考虑到南澳镇与澎湖岛对照，刘永福再回本任“恐生枝节”，遂于十月初六日请示清政府是否可以让刘永福调任南韶镇总兵。然而，刘永福此时身心俱疲，上书请求开缺回籍调理。谭钟麟查明属实后，电呈清政府请旨。十一月十六日，清政府电谕准许刘永福开缺回籍，并命前任台湾镇总兵万国本补授南澳镇总兵。

日本驻华公使林董在报纸上读到这一消息后，向清政府提出抗议，要求追究刘永福抵抗日军的责任，但被清政府驳回。此后，刘永福便在钦州闲居养病

九、老骥伏枥

甲午战争后，帝国主义列强掀起瓜分中国的狂潮，清廷要求各地将军、督抚举荐“老于兵事，缓急可恃”的武官以抵御外侮。两广总督谭钟麟在光绪二十三年（1897年）冬敦请刘永福复出。刘永福赴广州谒见谭钟麟，被委任为军械局总办，月薪三百两。然而，光绪二十四年（1898年）初，刘永福辞职，并投入重建黑旗军的工作中。他回到南宁，在左右两江各府县招兵买马，从一万余人中挑选2000余人，组成了新的黑旗军（福字营）。在此期间，刘永福还曾两次调停民间械斗，显示了他在地方上的威望和影响力。

光绪二十五年（1899年）十月二十七日，清廷补授刘永福为河南南阳镇总兵。但刘永福以自己使用粤语、不通其他省份方言为由请求留在岭南，得到了清廷的批准。光绪二十六年（1900年）二月十四日，他与广东碣石镇总兵张铭新互调，碣石镇总兵成为他在清朝担任的最后一个官职。

上任后不久，刘永福就被派去广宁剿匪。同年七月，因八国联军入侵京津，清廷号召天下勤王，署理两广总督德寿决定派刘永福率黑旗军北上勤王。九月，刘永福行至湖南衡州。此时广州发生史坚如炸德寿事件，德寿急召刘永福回粤，严防革命党。同年冬天，刘永福移驻惠州，此时他对清政府倍感失望，萌生了“归隐山林，优游泉石”的想法。两广总督多次调他去镇压反清起义，他都反应消极，或应或不应。

黑旗军被一分为二，刘永福自领三营，其余三营驻扎广州或肇庆，逐渐脱离刘永福的管辖。光绪二十九年（1903年）九月，刘永福自请解散自领的三营，从此黑旗军不复存在。此后，他不断向两广总督岑春煊请求辞职，但岑春煊均未允诺。光绪三十三年（1