秦琼每次随李世民征伐，敌阵中常有炫耀自己兵强马壮的武将，李世民就让秦琼前去，单枪匹马常将敌将斩杀于万众之中。

可见李世民对秦琼的信任和自信。

同年七月，李世民率军进逼洛阳攻打王世充，每以秦琼为先锋。征讨洛阳期间，李世民挑选了一只千余人的精锐骑兵部队，命其身穿黑衣玄甲，分为左右队，由秦琼、程知节、尉迟敬德、翟长孙四人分别统领，每次作战时亲自率领作为前锋使用，所向披靡攻无不克，敌人十分畏惧。

特别是秦琼带领的那一队人马，次次冲锋陷阵，一直在战斗的最前沿。

武德四年三月，夏王窦建德与王世充结盟，率生力军十几万驰援洛阳。

李世民留下李元吉等人继续围困洛阳，亲率秦琼等将领分兵前往虎牢关抵御窦建德。

五月初，李世民留战马千余匹于黄河北岸放牧，让窦建德以为唐军草料将尽，诱其出击。次日清晨，窦建德军自板渚出牛口列阵，逼近汜水向唐军挑战。

秦琼建议李世民明修栈道，暗渡陈仓。

李世民按兵不出，暗中召回战马，待到正午窦军士兵疲惫阵型骚乱才率军东涉汜水冲击敌阵。

偏偏这个时候窦建德朝会群臣，军中一度慌乱，但稍作退却后很快发起反击。诸军混战中，秦琼、程咬金、史大奈、宇文歆等人随李世民凿穿窦军大阵，来到敌阵后方展开唐军旗帜，令窦军误以为己方已败，军心涣散下大败溃逃。

一场激烈战斗，恶战之后窦建德被俘，王世充绝望之下也出城投降。

大破窦建德之战，秦琼率数十名精锐骑兵率先冲破窦军大阵，仅仅凭着十几人敢冲入敌军内部，并且大破敌人的阵脚。

立下汗马功劳，此次大战之后秦琼获封翼国公，又获赏赐黄金百斤、帛七千段。

同年七月，窦建德被斩首，其旧将惧怕唐朝报复，于是拥立刘黑闼为王起兵造反，半年之内收复了窦建德昔日所有领土。

转眼又到了十二月，秦琼随李世民前往河北平叛。

在河北，秦琼再次立了赫赫战功。

武德五年二月，在刘黑闼进军洺水途中，秦琼率军于列人将其击破。

一直打到刘黑闼失败，到最后被秦琼一箭射穿心而死后，秦琼又被赏赐了许多物资。

武德九年，秦琼参与玄武门事变，随李世民诛杀李建成、李元吉，事后被拜为左武卫大将军，食实封七百户。

后来秦琼经常生病，每逢病时就对人说“我戎马一生，历经大小战斗二百余阵，屡受重伤，前前后后流的血能都有几斛多，怎么会不生病呢！”

泾河龙王为了和一个算卜先生打赌，结果犯了天条，罪该问斩。

玉皇大帝任命魏征为监斩官。泾河龙王为求活命，向唐太宗求情。太宗答应了，到了斩龙的那个时辰，便宣召魏征与之对弈。没想到魏征下着下着，打了一个盹儿，就魂灵升天，将龙王斩了。

泾河龙王于是抱怨太宗言而无信，日夜在宫外呼号讨命。太宗告知群臣，大将秦叔宝奏道愿同尉迟敬德戎装立门外以待。太宗应允。那一夜果然无事。太宗因不忍二将辛苦，遂命巧手丹青，画二将真容，贴于门上。

这事情被后代代代相沿下来，于是，这两员大将便成为千家万户的守门神了。其中执锏者即是秦琼。执鞭者是尉迟敬德。

秦琼是山东历城县一名马快班头，擅长使用双锏，远近闻名，人送绰号“小孟尝”。在执行公务时结识单雄信、王伯当、徐茂功等绿林好汉。

阴差阳错救了李渊一家，被李渊幼子李元霸当成是神仙。后来惹上官司被发配到北平府，而北平王罗艺却是秦琼的姑父，秦琼得以在罗艺帐下任职，并和罗艺的儿子罗成钻研武艺，传枪递锏。

离开北平府后