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1628年崇祯元年在贵州宣慰司的宋氏洪边十二马头水东地区地区设开州今贵州省开阳流官州，水西地区安氏势力已经衰落，流官实际已控制了贵州宣慰司土司地区。

明朝在四川的改土归流是从弘治年间开始的。

1495年弘治八年马湖“土知府安鳌有罪伏诛”，遂改马湖土府为流官知府，但知府驻地以外的泥溪、沐川、平夷、蛮夷4长官司仍然是土司的势力范围。

1573年万历元年明军剿平山都掌地区的水都、山都后，改该戌县为兴文流官县。

1600年万历二十八年明朝在镇压了播州宣慰使杨应龙的反叛后，“分播地为二:属蜀者曰遵义府，属黔者为平越府”，原属播州宣慰司的2安抚司、6长官司亦同时全改设流官。

1623年天启三年由于永宁土司奢氏长期侵夺邻境，并发动叛乱，明朝在镇压了奢崇明的叛乱后，将永宁宣抚司改土归流。

明朝在云南的改土归流是从正统年间开始的。

1443年正统八年鹤庆土府土官高氏长期“屡逞凶恶，屠杀士庶”，并不断发生争夺土司职位的仇杀，于是明朝便宣布高氏领地内“户下人口收籍当差，止令流官管事”，改鹤庆土府为流官知府。

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1477年成化十三年由于寻甸土府土司统治势力的衰落，土官为保其统治而发动叛乱，加上土司家族长期为争夺土司职位而仇杀，导致土官统治的灭亡，明朝借机将寻甸土府改为流官知府。

1481年成化十七年因广西土知府昂贵有罪革职，改为流官知府。

1553年嘉靖二十二年元江土司那氏族人争夺土司职位，被明军镇压而在元江第一次设流官知府。

1567年隆庆元年在平定武定土知府凤继祖的叛乱后，改为流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。

1597年万历二十五年顺宁土知府猛廷瑞与其兄争夺土司职位，被诬告为反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改为流官知府，并改大侯土州为云州流官州，隶属顺宁府。

明代在广西改流较早，从洪武年间就开始了。

据统计整个明朝在广西地区改土归流共16处。

1368年洪武元年将忻成土司改为流官知县;1505年弘治十八年上思州黄姓土司“叛服无常”，被明军讨平后改设流官知州。

嘉靖年间因思恩土府土官岑濬屡出兵侵掠邻境，明朝出兵征讨，杀了岑濬，改设流官知府。

明朝的改土归流主要在贵州、四川、云南、广西4省进行，其它地区的改流并不突出。

明代的改土归流总的说是不彻底的，并曾遭到土司的强烈反抗，因而出现了许多反复，在许多改设流官的府、州、县中，流官政权很不巩固，有的土司地区设流官后，因为各种原因而出现了复流为土的现象。

这是因为明代土司制度还处在全盛时期，一方面土司制度对明王朝的统治还能起到一定的作用。

另一方面土司势力还比较强大，可以利用群众的力量起来反抗改流。

同时明代改流的土司地区，大部分处于地主经济兴起的时期，还未能彻底战胜领主经济，就是说土司统治的社会基础还没有受到根本的破坏，明王朝也没有力量对改流地区进行完全的控制，决定了明代改土归流的不彻底性和反复性，改土归流就只有在条件完全成熟的清朝才能彻底进行。

因此改土归流贯是通于整个清朝的事情，可以说在整个清朝的统治过程都在进行，大体可以分为3个阶段:

首先是初期阶段，初期阶段是从清初到1725年雍正三年。

清朝初期，清军进入南方土司地区时即对有条