件改流的土司趁军事胜利改流。

1659年顺治十六年吴三桂在镇压了云南元江傣族土知府那嵩的抗清活动后，将元江改设流官知府。

1664年康熙三年贵州水西宣慰使安坤起而抗清，被讨平后，吴三桂奏分其地为4府:以大方城为大定府，以利城为平远府，以乌撒为威宁府，以水西为黔西府，水西地区第一次改流。

1665年康熙四年云南新兴州今云南省玉溪土司王耀祖和宁州土官禄昌贤联络嶍峨、石屏、蒙自、陆良、弥渡、维摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吴三桂镇压后，废除了这些地区的土官，改新兴、宁州为流官知府，在教化、王弄山、维摩等原土司地区设立开化府，委派流官管理。

1723年雍正元年将云南丽江土府改流。

1724年、1725年又将云南威远、姚安等地改为流官知府。

在广西，清朝于1663年康熙二年将镇安土府改置流官通判。

1719年熙五十八年废思明土司黄氏，改设流官。

这是清朝改土归流的初期阶段。

其次是进阶阶段，1726年雍正四年鄂尔泰任巡抚云南兼云贵总督事后，向清政府提出了全面改土归流的计划，开始了大规模的改土归流活动，改流进入大规模时期。

在这一阶段清政府根据不同地区、不同情况和土司的不同表现，采取了区别对待的不同策略进行改土归流。

1边远地区与内地的区别，认为在内地的土司可改流，虽在边远地区但实际和内地一样的也可改流，边远地区则暂时保留土司统治，即先改内地条件成熟的地区，后改边远地区。

2在云南改流是以澜沧江东西为分界线，澜沧江以东必须改流，澜沧江以西的土司暂予保留。

3奉法与不法的区别，清朝对罪大恶极违抗朝命的土司首先改流，对守法的能抚绥其民的与流官州县循良相同的土司则不改流，只使其向化。

清朝在改土归流的高潮时期按照剿抚相兼兵威并举和3种不同区别的策略，采用以下几种方式改流:

首先自然是武力改流，清政府认为世代拥有土地、人民、武装的土司，要他们“去封号、徼兵械、纳土称臣，解甲归田，帖然受命改流，是不可能的事。

故鄂尔泰受命之日，即移兵攻贵州广顺州之长寨，终于古州，首尾用兵凡五六载”。

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清朝首先对东川、乌蒙、镇雄3地用兵，最后改置乌蒙、乌撒、镇雄、东川4流官知府。

继后，对云南镇源、威远、恩乐、车里、茶山、孟养等处用兵，将这些地区改设流官。

1726年雍正四年二月鄂尔泰出兵攻贵州广顺州长寨，长寨是滇、黔两省苗、彝杂处之地中势力最强大的土司，故鄂尔泰在贵州改流之始首先对长寨用兵，前后用兵3年，设流官统治地区计有1298寨，5978户，男妇口，地方600公里。

1727年雍正五年闰三月出兵谬冲，谬冲是黔、楚之交界处花苗中最强大者，鄂尔泰攻下谬冲之地后，将其地一部分归黔省黎平府，另一部分归广西怀远县管辖。

从1728年至1730年雍正六年至八年对贵州八寨、丹江、九股、清水江、八万古州等地用兵，尔后将这些地区改置流官。

1728年雍正六年清朝出兵攻下广西八达寨改归西隆州管辖。

1731年雍正九年清军又攻下广西邓横寨，将其地改流。

以土司“贪劣”、“不法”而改流。

这种情况以广西改流为最突出，如广西的泗城土知府岑映宸、思城州土知州赵康祚、小镇安土巡检岑绳武、下龙司土巡检赵墉等人均以贪暴专横不奉法而被废除